Las diferencias son muy marcadas entre uno y otro, pero la principal es que el programa prerrequisitos operativos surge a través del análisis de peligros y el programa prerrequisitos se refiere a la primer capa de protección para generar un ambiente favorable en la fabricación de un alimento.
 
Algunos ejemplos de un programa prerrequisito son:

• Control de plagas.
• Programa de buenas prácticas de manufactura.
• Programa de mantenimiento.
• Programa de control de químicos.
• Programa de control de alérgenos.

 
Los programas prerrequisitos son específicos para las necesidades de cada organización. Un programa prerrequisitos de una organización que se dedica a la fabricación de alimentos, no podría ser idéntico a un programa prerrequisitos de una organización que se dedique a la fabricación del material de empaque para la industria.
 

 
Los prerrequisitos operativos surgen del análisis de peligros y suelen convertirse también en medidas de control sin llegar a ser puntos críticos de control.
 
Un ejemplo muy singular que podemos tomar de las industrias de alimentos es el riesgo con partículas metálicas. Generalmente un punto crítico de control en este caso sería un detector de metales, cuando el prerrequisito operativo en ocasiones podría ser una trampa magnética o bien las mallas que pueden existir durante el flujo. Esto no significa que el último paso del proceso es el que elimina o disminuye un riesgo a su mínima expresión.
 
La principal diferencia entre un programa de prerrequisitos y un programa prerrequisitos operativos, es que los prerrequisitos operativos nacen como tal del análisis de peligro y forman parte de la línea de proceso y el programa pre-requisito son programas que nos permiten mantener un ambiente inocuo, para asegurar que el producto que se fabrica dentro de las líneas de proceso será inocuo. En pocas palabras es nuestra primer barrera para el control de los riesgos o peligros inherentes al proceso.